地下水经常受到硝酸盐的污染，由于其对健康的危害，必须将其去除。饮用水中的硝酸盐对 6 个月以下的儿童尤其危险。硝酸盐污染是土壤（含氮肥料）中积累的铵和硝酸盐污染物造成的。

去除硝酸盐的一种可行方法是选择性离子交换。选择性树脂只与水流中的硝酸盐结合。饱和后的树脂可以再生并重复使用。在对含有硝酸盐的再生液进行进一步处理和定位时，必须特别注意。

硝酸盐也可以通过非选择性的膜技术去除。这种方法比前一种方法更昂贵，但其他不需要的成分也可以与硝酸盐一起去除：Na、As、B、高盐度、有机物。