Las aguas subterráneas suelen estar contaminadas por nitratos, que deben eliminarse por su riesgo para la salud. El nitrato en el agua potable puede ser especialmente peligroso para los niños menores de seis meses. La contaminación por nitratos es el resultado de los contaminantes a base de amonio y nitratos acumulados en el suelo (fertilizantes de contenido nitrogenado).

Un método posible para eliminar el nitrato es el intercambio selectivo de iones. Existen resinas selectivas que fijan únicamente el nitrato de una corriente. Tras la saturación, la resina se regenera y se reutiliza. Debe prestarse especial atención durante el tratamiento posterior y la localización del regenerado con contenido de nitrato.

Los nitratos también pueden eliminarse mediante técnicas de membrana, que son métodos no selectivos. Este método es más caro que el anterior, pero también se pueden eliminar otros componentes no deseados junto con el nitrato: Na, As, B, alta salinidad, orgánicos.