El funcionamiento de este tipo de unidades es totalmente automático, no hay necesidad de supervisión continua. Cuando se alcanza la conductividad preestablecida, el equipo pasa al modo de regeneración. Los productos químicos de regeneración son hidróxido sódico y ácido clorhídrico.

En el caso de los sistemas simples, no hay suministro de agua durante la regeneración. Los sistemas dúplex son redundantes, por lo que se garantiza un suministro continuo de agua (incluso durante la regeneración).